Bosnië kan de Turkse legers nog lang buiten houden, maar in 1463 wordt ook Bosnië-Herzegovina een deel van het Ottomaanse rijk. (Eyalet Bosna)
De islam wordt de belangrijkste godsdienst in Bosnië, en de Turken oefenen veel invloed uit op
het dagelijks leven, op de taal en de architectuur. Ondanks deze overheersing, is er in bepaalde mate
van godsdienstvrijheid, zodat er minderheden blijven bestan die katholiek of Servisch-orthodox blijven. Toch bekeren
veel mensen zich tot de islam, omdat dat in die periode veel voordel biedt. Daarom blijft Bosnië een multi-etnische staat,
met de islam als belangrijkste godsdienst. Er breekt een tijd aan van vrede, maar vooral van economische voorspoed: Er is veel
handel met de rest van het Ottomaanse rijk, maar ook met Venetië en Dubrovnik. De Turken sluiten
een deal met Dubrovnik: In ruil voor een uitgang naar zee, beschermen de Turken Dubrovnik tegen
Venetië. Deze uitgang heet Neum, en zorgt er tegenwoordig nog altijd voor dat Dubrovnik en
omgeving door Neum wordt gescheiden van de rest van Kroatië.Eind 19e eeuw proberen de grote mogendheden van Europa op dat moment (Duitsland, Oostenrijk-Hongarije) om de macht van het rijk te breken. Het lukt niet geheel, maar omdat ook het Turkse leger verzwakt raakt, wordt er in 1878 in Berlijn een akkoord gesloten: Geen oorlog, maar Bosnië komt onder Oostenrijks-Hongaars gezag te staan, en buurlanden (o.a. Servië) krijgen onafhankelijkheid.
Bosnië-Herzegovina wordt een provincie van het Oostenrijks-Hongaarse keizerrijk. Het land wordt direct
'verbouwd' volgens de dan heersende kolonisatiementaliteit: Scholen, wegen en spoorlijnen worden gebouwd. Aan de andere kant,
emigreren veel moslims naar het oosten, naar gebieden die nog onder het Ottomaanse rijk vallen, om de
onzekere toekomst te ontlopen. Andere volkeren en religies krijgen daardoor meer macht. Met name
Serviërs proberen de macht van het rijk te doorbreken, en meer invloed in deze provincie te verkrijgen.
De troonopvolger van het Oostenrijk-Hongaarse keizerrijk, Frans Ferdinand, bezoekt Sarajevo met het oog de spanningen te verminderen.
In de stad wordt hij doodgeschoten door een Servische nationalist die bang is voor de Oostenrijks-Hongaarse aanspraken op Servië,
Gavrilo Princip. De spanningen in Europa ontladen zich, Oostenrijk-Hongarije verklaart de oorlog aan Servië waardoor een kettingreactie ontstaat aan oorlogsverklaringen en de 1e Wereldoorlog een feit is.
Hoewel er ook op in Bosnië-Herzegovina veel grondgebied gevochten is, is er relatief weinig schade, en pakt met het leven zo snel mogelijk weer op. De nieuwe koning preekt verzoening tussen de volkeren van Joegoslavië, maar gedraagt zich steeds dictatorialer. Het komt tot bewegingen tegen de koning, en zelfs tot moord in het Franse Nice. Door de wereldwijde ontstane crisis groeien de nationalistische en communistische bewegingen
De 2e Wereldoorlog bereikt ook Joegoslavië met Duitse bombardementen op Belgrado. Joegoslavië wordt verdeeld onder de Duiters,
Italianen en Bulgaren. Zowel in Kroatië (geleid door Pavelić) als in Servië (geleid door Mihailović) worden fascistische, pro-Duitse regimes geïnstalleerd. Deze regimes
gaan hard tekeer tegen politieke tegenstanders in concentratiekampen. Vooral zigeuners, joden en, afhankelijk van het gebied, Serviërs en Kroaten
moeten het ontzien. Moslims in Bosnië worden gedoogd: Ze worden, afhankelijk van onder welk regime men valt, ingedeeld als
"islamitische" Serviër of Kroaat. Al gauw leidt tot verzet van zowel andere extremistische groepen als communisten
De communistische partizanen, een van de succesvolste guerillalegers, opereert
vanuit de binnenlanden van Bosnië. Hun leider, Josip Broz Tito, roept op deze datum de Federatieve Volksrepubliek Joegoslavië uit
in het Bosnische Jajce. Van daaruit vecht het leger zich tegen de Duitse en Italiaanse bezetter op een steeds groter wordend grondgebied.
Het land verandert zijn naam in Socialistische Federatieve Republiek Joegoslavië
Met de opkomst van het toerisme in het algemeen profileert Joegoslavië zich als vakantiebestemming. Veel mensen gaan naar de kusten van Kroatië, Slovenië en Montenegro, maar ook het binnenland van Bosnië met veel ongerepte natuur en oude steden krijgt veel aandacht. Door deze toestroom en de handel met het westen, bloeit de Joegoslavische economie op, en wordt het land relatief welvarend. Ook Bosnië-Herzegovina profiteert ervan door middel van een verbetering van infrastructuur (asfaltering van wegen, verbetering van spoorlijnen).
In 1974 voert Tito een grondwetswijziging door, die de Servische provincies Kosovo-Metohija en Vojvodina autonomie geeft, en de Bosnische moslims als aparte bevolkingsgroep erkent.
Bij verkiezingen wordt Alija Izetbegović gekozen tot president, en zijn
moslim-partij SDA tot regeringspartij van Bosnië-HerzegovinaHoewel het lang goed gaat, komt het ook in Bosnië-Herzegovina steeds meer tot etnisch geweld.
De burgerloorlog leidt niet alleen tot vele slachtoffers en kapotgeschoten huizen, maar ook tot 'etnische' zuivering: Mensen van een andere afkomst worden gedwongen om te verhuizen uit het gebied, of in kampen gestopt. Ook zijn er gebieden waarin Moslims tegen Kroaten vechten (in sommige gevallen wordt een van beiden gesteund door Serviërs). In het noordwesten van het land breekt onder Fikret Abdić een opstand uit, tegen Izetbegović, en zo wordt er ook door Moslims onderling gevochten. In het zuiden tenslotte roepen de Kroaten eenzijdig hun eigen republiek Herceg-Bosna uit. met als uiteindelijk doel aansluiting bij Kroatië. In 1995 wordt deze onder druk van de VN weer opgeheven, en weer bij Bosnië-Herzegovina gevoegd.
Wel ontbrandt er in Srpska nog een machtsstrijd: Het oostelijke deel is conservatiever, het noordelijke wat toeschietelijker m.b.t. de vrede. Uiteindelijk krijgt het noordelijke deel de overhand, en wordt de hoofdstad verplaatst van Pale naar Banja Luka.
Eveneens in dit jaar (augustus) start het Kroatische leger een offensief om Serviërs te verjagen uit Krajina en uit Slavonië/Baranja. Tijdens deze operatie "Oluje" (Tornado), vluchten veel Serviërs naar Srpska, iets wat de stabiliteit van de regio niet ten goede komt. Toch komt het niet opnieuw tot oorlog.
Afgezien van sporadische incidenten is de vrede sinds 1995 gehandhaafd in het land. De SFOR (onderdeel van de NAVO, maar opererend onder mandaat van de VN)
is de 'internationale politie' die het toezicht houdt op de naleving van het akkoord, en ingrijpt als een van
de partijen zich probeert los te maken van Bosnië-Herzegovina. De bedoeling is dat SFOR uiteindelijk de taken uit handen geeft aan een Europese politiemacht.